一、“三位一体”论
  周师强调中医临证需证、病、症三者结合，并在此基础上创立了“三位一体”辨证体系，其核心是以证为本，病为枢，症为标。广义的“三位一体”辨证是指“天-地-人”的三才全息模式；狭义的“三位一体”辨证是指“辨证、辨病、辨质”相结合的临床思维模式；更狭义的“三位一体”辨证是指“三脏同治”、“二脏一腑”、“三腑同治”及分期调理的辨证模式。
  辨证论治是中医学的特色和精华，对疾病进行辨证诊断，是中医诊断应有的、特殊的内容，它是治疗立法、处方的主要依据。中医学主要的辨证方法有：八纲辨证、脏腑辨证、经络辨证、卫气营血辨证、三焦辨证、六经辨证。因为中医的辨证论治内容错综复杂，名目繁多，令人目眩神迷，不易得其要领。这就使人迫切感到中医的辨证论治体系必须作进一步的整理，以加强其系统性，才能更好地适应临床的需求，有利于中医现代化。对此，不少学者已经形成共识：外感病六经、三焦、卫气营血辨证论治和内伤病的脏腑经络辨证论治之间有着不可分割的内在联系，而且，它们都是以八纲为总纲和脏腑经络为基础的，因此，很有必要将之冶于一炉，融为一体，成为一个统一的辨证论治体系。周师通过几十年的临床经验总结，并重温大量的古今医籍和文献资料后，首次提出了“三位一体”辨证模式。“三位一体”辨证模式将卫气营血、三焦、六经辨证融为一体，形成独特的学术思想和学术风格。
  不同直线的三点可构成一个平面，也即稳态。中医讲究的“阴平阳秘、精神乃治”其实也是人体的一种“稳态”。这与“三数”有着不言而喻的联系。而且，“三数”在医学上的运用也屡见不鲜。周师十分推崇任继学教授“人体三维生理系统”的学术思想，任老认为：人体内外、表里、上下皆有三维生理功能参与，而人的生命起源也是如此。《素问·三部九候》说：“三而成天，三而成地，三而成人，三而三之，合则成九……故神藏五，形藏四，合为九脏。”李时珍曰：“命门者，……在七节之旁，两肾之间，二丝著脊，下通二肾，上通心肺，贯属于脑，为生命之原……”由此可知“肾（命门）-心-肺”形成人体三维系统之一。
  周师认为临床不仅要从整体出发辨证施治，而且要重视疾病局部的病理变化，衷中参西、取长补短，辨病辨证相结合，发挥各自优势。一切医疗方案的制订均应以病人身体康复为中心，不必拘泥中医西医孰轻孰重。在“病证结合”的基础上还强调“辨质施食”，即临证要注重患者的体质，质实际上是证的潜在状态。体质，是人体在先天禁赋和后天调养基础上表现出来的功能（包括心理气质）和形态结构上相对稳定的固有特性，就个体讲，体质具有明显的差异性；就人群来讲，体质有具有肯定的普遍性。体质的形成关系到先天和后天两个方面，此外还与性别、年龄、方土（地理）等因素有关。质实际上也可以看作是证，只不过它是证的潜在状态（或称“未病”状态）；证也可以看作是质，只不过它是质的显现状态（或称“已病”状态）。《内经》提出“治未病”的思想，一般往往容易把“未病”理解为“无病”，这是不确切的。所以，临证必须“辨证、辨病、辨质”三位一体。
2、“心胃相关”论
  在临床实践中发现一些消化系疾病患者，特别是功能性胃肠疾病患者，如肠易激综合征和胃功能性紊乱患者，常伴有心烦失眠、抑郁焦虑、多梦易怒等症状，按照传统方法多认为这些症状的产生主要为“肝郁”，治疗时以疏肝调脾为法，取得了一定的疗效，除主要临床症状改变外，一些情志症状也往往明显改善；但有一部分患者疗效去差强人意，根据中医“心主神志”，周教授改从调心安神入手，结果临床疗效大大提高。心神与脾胃具有一定的关系，因此提出了“心胃相关”理论。
  心胃相关是指心与胃肠在病理生理上相互联系、相互影响的关系，特别是心主神志（精神心理因素）的功能与胃肠（消化系统）主受纳、腐熟、运化水谷等功能之间相互联系、相互影响的关系。此处的心强调的是心主神志这一功能，而胃则是指脾胃指整个消化系统。
  心胃相关有广义与狭义之分。狭义心胃相关是指心主神志功能与脾胃主运化功能之间的关系，而广义心胃相关是指心的功能与脾胃的功能之间的关系。广义心胃相关反应的是两个功能系统的关系，这种相关与中医传统的脏腑相关不同，在中医脏腑理论中，脏腑相关探讨的是两脏（腑）生理及病理方面的关系，而心胃相关主要探讨的心的功能与脾胃功能之间的关系，实际是两个相对独立的系统之间的功能关系
  由于“心”与“胃”相关，因此在病人既有心神失调又有脾胃运化失常的表现时，我们必须将二者联系起来进行辨证、诊断和治疗，切不可将二者割裂开来。首先必须分清因果、主次：判别是心神失调影响脾胃功能还是脾胃功能失调影响心神失调，是以心神失调为主还是以脾胃运化失常为主；然后根据主次、因果抓住主要矛盾进行治疗。其次充分认识“心胃”之间的联系，有助于我们认识和把握整个病情的本质。由于心胃之间在病理、生理上相互联系相互影响，因而我们可通过对“心”病的辨证来求证对“胃”病的辨证或通过对“胃”病的辨证来求证对“心”病的辨证，从而准确把握病情的本质。例如当病人胃痛伴有失眠症状时，我们可先以失眠进行辨证，然后根据心胃的关系推测胃痛的病因及病性，再结合其他症状对胃痛进行辨证，这样二者互参而一致则辨证准确。