专科建设是第一附属医院创名院、建名科、育名医(“三名”) 战略工程的重要组成部分。医院的专科建设至今已有将近30年的建设历程。目前第一附属医院拥有国家临床重点专科7个（内分泌科、耳鼻喉科、脾胃病科、中医骨伤科、妇科、肿瘤科、临床药学），国家中医药管理局重点专科14个（内分泌科、耳鼻喉科、脾胃病科、中医骨伤科、妇科、肿瘤科、临床药学、心血管科、针灸科、急诊科、脑病专科、风湿病科、重症医学科、护理学），广东省中医名科5个（肿瘤科、髋关节病科、妇科、内分泌科、运动康复科），广东省临床重点专科3个（口腔科、医学影像科、检验科），中医药强省中医临床建设专项中医临床重点专科建设项目8个（针灸科、脑病专科、风湿病科、眼科、呼吸科、儿科、皮肤科、治未病科），广东省中医药局十二五重点专科24个（内分泌科、耳鼻喉科、脾胃病科、妇科、肿瘤科、心血管科、针灸科、急诊科、脑病专科、三骨科、风湿病科、肾病科、血液病科、一外科、眼科、一骨科、二骨科、呼吸科、皮肤科、四外科、四骨科、乳腺科、儿科、中医外科）。